Dinamica Molecolare per i sistemi biologici

Dinamica Molecolare per i sistemi biologici

Descrizione:

Il corso vuole essere un'introduzione alla modelizzazione su scala atomistica di sistemi biologici.
Dopo una breve introduzione sulle biochimica delle molecole biologiche (proteine, acidi nucleici, acidi grassi, carboidrati)
introdurremo la Dinamica Molecolare e le altre principali tecniche di calcolo che permettono la simulazione di un grande numero di atomi.
Durante il corso sarà dato ampio spazio alle applicazioni e ad esercizi pratici.

 Programma dettagliato:

Introduzione: molecole biologiche.
Algoritmi generali di simulazione.
Condizioni periodiche al contorno.
Termostati e barostati.
Minimizzazione dell'energia. Interazioni e Force Field: potenziale Lennard Jones, interazioni elettrostatiche, legami chimici, polarizzazioni.
Descrizione dei force fields.
Analisi delle traiettorie.
Deviazioni,fluttuazioni, correlazioni.
Ponti salini.
Calcoli di energie libere.
Potenziale di forza media.
Conduttanze e permeabilità di canali di membrana.